Alice Carolyn McHardy

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Philipp C. MünchResearch Associate, Harvard School of Public Health & Helmholtz Centre for Infection ResearchBestätigte E-Mail-Adresse bei hsph.harvard.edu
Isidore RigoutsosRichard W. Hevner Professor of Computational Medicine, Director Computational Medicine CenterBestätigte E-Mail-Adresse bei jefferson.edu
Philip HugenholtzAustralian Centre for Ecogenomics, SCMB, The University of QueenslandBestätigte E-Mail-Adresse bei uq.edu.au
Alfred PühlerCentrum für Biotechnologie, Universität BielefeldBestätigte E-Mail-Adresse bei cebitec.uni-bielefeld.de
Andreas BremgesEvonik IndustriesBestätigte E-Mail-Adresse bei evonik.com
Ruben Garrido-OterGroup Leader, Max Planck Institute for Plant Breeding ResearchBestätigte E-Mail-Adresse bei mpipz.mpg.de
Johannes DrögeBestätigte E-Mail-Adresse bei uni-duesseldorf.de
Phil B. PopeProfessor, Centre for Microbiome Research, Queensland University of TechnologyBestätigte E-Mail-Adresse bei qut.edu.au
Aaron WeimannPostdoctoral researcher, University of CambridgeBestätigte E-Mail-Adresse bei mrc-lmb.cam.ac.uk
Folker MeyerUniversity of Duisburg-Essen; University Hospital EssenBestätigte E-Mail-Adresse bei uni-due.de
Alexander GoesmannProfessor für Bioinformatik und Systembiologie, Justus-Liebig-Universität GiessenBestätigte E-Mail-Adresse bei cebitec.uni-bielefeld.de
Arndt BorkhardtBestätigte E-Mail-Adresse bei med.uni-duesseldorf.de
Natalia IvanovaDOE Joint Genome InstituteBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
Aristotelis TsirigosProfessor, NYU School of Medicine, NYBestätigte E-Mail-Adresse bei nyulangone.org
Nikos C KyrpidesJoint Genome Institute, Lawrence Berkeley National LaboratoryBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
Rob KnightWolfe Family Chair at Rady Children's; Director, Center for Microbiome Innovation; Professor, UCSDBestätigte E-Mail-Adresse bei ucsd.edu
Hector Garcia MartinLawrence Berkeley National LaboratoryBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
Susannah TringeEnvironmental Genomics and Systems Biology, Lawrence Berkeley National LaboratoryBestätigte E-Mail-Adresse bei lbl.gov
Lutz KrauseUniversity of Queensland Diamantina InstituteBestätigte E-Mail-Adresse bei uq.edu.au
Prof. Dr. Jörn KalinowskiHead of Technology Platform Genomics, Center for Biotechnology, Bielefeld UniversityBestätigte E-Mail-Adresse bei cebitec.uni-bielefeld.de

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Alice Carolyn McHardy

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The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes R Overbeek, T Begley, RM Butler, JV Choudhuri, HY Chuang, M Cohoon, ... Nucleic acids research 33 (17), 5691-5702, 2005	2351	2005
Metagenomic and functional analysis of hindgut microbiota of a wood-feeding higher termite F Warnecke, P Luginbühl, N Ivanova, M Ghassemian, TH Richardson, ... Nature 450 (7169), 560-565, 2007	1571	2007
Severe COVID-19 is marked by a dysregulated myeloid cell compartment J Schulte-Schrepping, N Reusch, D Paclik, K Baßler, S Schlickeiser, ... Cell 182 (6), 1419-1440. e23, 2020	1412	2020
Structure and function of the bacterial root microbiota in wild and domesticated barley D Bulgarelli, R Garrido-Oter, PC Münch, A Weiman, J Dröge, Y Pan, ... Cell host & microbe 17 (3), 392-403, 2015	1379	2015
Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota Y Bai, DB Müller, G Srinivas, R Garrido-Oter, E Potthoff, M Rott, ... Nature 528 (7582), 364-369, 2015	1242	2015
Eleven grand challenges in single-cell data science D Lähnemann, J Köster, E Szczurek, DJ McCarthy, SC Hicks, ... Genome biology 21, 1-35, 2020	1161	2020
The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins J Kalinowski, B Bathe, D Bartels, N Bischoff, M Bott, A Burkovski, N Dusch, ... Journal of biotechnology 104 (1-3), 5-25, 2003	1127	2003
Defining seasonal marine microbial community dynamics JA Gilbert, JA Steele, JG Caporaso, L Steinbrück, J Reeder, B Temperton, ... The ISME journal 6 (2), 298-308, 2012	1119	2012
Metagenomic analysis of two enhanced biological phosphorus removal (EBPR) sludge communities HG Martin, N Ivanova, V Kunin, F Warnecke, KW Barry, AC McHardy, ... Nature biotechnology 24 (10), 1263-1269, 2006	861	2006
GenDB—an open source genome annotation system for prokaryote genomes F Meyer, A Goesmann, AC McHardy, D Bartels, T Bekel, J Clausen, ... Nucleic acids research 31 (8), 2187-2195, 2003	847	2003
Critical assessment of metagenome interpretation—a benchmark of metagenomics software A Sczyrba, P Hofmann, P Belmann, D Koslicki, S Janssen, J Dröge, ... Nature methods 14 (11), 1063-1071, 2017	814	2017
Microbiota and host nutrition across plant and animal kingdoms S Hacquard, R Garrido-Oter, A González, S Spaepen, G Ackermann, ... Cell host & microbe 17 (5), 603-616, 2015	755	2015
Organismal, genetic, and transcriptional variation in the deeply sequenced gut microbiomes of identical twins PJ Turnbaugh, C Quince, JJ Faith, AC McHardy, T Yatsunenko, F Niazi, ... Proceedings of the National Academy of Sciences 107 (16), 7503-7508, 2010	619	2010
Accurate phylogenetic classification of variable-length DNA fragments AC McHardy, HG Martín, A Tsirigos, P Hugenholtz, I Rigoutsos Nature methods 4 (1), 63-72, 2007	602	2007
The amphioxus genome illuminates vertebrate origins and cephalochordate biology LZ Holland, R Albalat, K Azumi, È Benito-Gutiérrez, MJ Blow, ... Genome research 18 (7), 1100-1111, 2008	571	2008
Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis S Schneiker, VAPM Dos Santos, D Bartels, T Bekel, M Brecht, ... Nature biotechnology 24 (8), 997-1004, 2006	524	2006
Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum S Schneiker, O Perlova, O Kaiser, K Gerth, A Alici, MO Altmeyer, D Bartels, ... Nature biotechnology 25 (11), 1281-1289, 2007	496	2007
Genome-guided design of a defined mouse microbiota that confers colonization resistance against Salmonella enterica serovar Typhimurium S Brugiroux, M Beutler, C Pfann, D Garzetti, HJ Ruscheweyh, D Ring, ... Nature microbiology 2 (2), 1-12, 2016	441	2016
The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens N Zhou, Y Jiang, TR Bergquist, AJ Lee, BZ Kacsoh, AW Crocker, ... Genome biology 20, 1-23, 2019	428	2019
Insights into Genome Plasticity and Pathogenicity of the Plant Pathogenic Bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria Revealed by the Complete Genome … F Thieme, R Koebnik, T Bekel, C Berger, J Boch, D Büttner, C Caldana, ... Journal of bacteriology 187 (21), 7254-7266, 2005	426	2005

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