Joaquin Dopazo

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Coautores

David MontanerGenomics England - 100K Genomes ProjectDirección de correo verificada de genomicsengland.co.uk
Ignacio MedinaUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Francisco García-GarcíaResearcher at the Prince Felipe Research Centre (CIPF)Dirección de correo verificada de cipf.es
Pablo MinguezResearcher & Head of Bioinformatics Unit - IIS Fundación Jiménez Díaz (Madrid, Spain)Dirección de correo verificada de quironsalud.es
Javier Santoyo-LopezEdinburgh GenomicsDirección de correo verificada de ed.ac.uk
Jaime Huerta-CepasGroup Leader at CBGP (UPM-INIA-CSIC), Madrid, SpainDirección de correo verificada de embl.de
Hernan DopazoProfessor of evolutionary and population genomicsDirección de correo verificada de ege.fcen.uba.ar
Alicia AmadozIgenomix SLDirección de correo verificada de igenomix.com
Marta BledaZetta GenomicsDirección de correo verificada de genomicsengland.co.uk
Luz Garcia-AlonsoPrincipal Bioinformatician at Wellcome Sanger InstituteDirección de correo verificada de sanger.ac.uk
Alfonso ValenciaICREA Professor. Barcelona Supercomputing Center.Dirección de correo verificada de bsc.es
Toni GabaldonGroup Leader, Institute for Research in Biomedicine (IRB), Barcelona Supercomputing Centre (BSC)Dirección de correo verificada de crg.es
Leonardo ArbizaCornell UniversityDirección de correo verificada de cornell.edu
Enrique VidalPost Doctoral Researcher, Centre de Regulacio Genomica, UPF, BarcelonaDirección de correo verificada de crg.eu
Maria J. MartinEuropean Bioinformatics InstituteDirección de correo verificada de ebi.ac.uk
Joan Anton Puig Butille, PhdHead of Molecular Biology CORE laboratory, Hospital Clinic BarcelonaDirección de correo verificada de clinic.cat
Francisco AzuajeGenomics EnglandDirección de correo verificada de genomicsengland.co.uk
Enrique S. Quintana-OrtíUniversitat Politècnica de València, SpainDirección de correo verificada de disca.upv.es
Holger HeynCNAGDirección de correo verificada de cnag.eu
Marc A. Marti-RenomICREA Research Professor @ CNAG & CRGDirección de correo verificada de cnag.eu

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Joaquin Dopazo

Computational Medicine Platform, FPS, Hospital Virgen del Rocio, Sevilla, Spain

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High-throughput functional annotation and data mining with the Blast2GO suite S Götz, JM García-Gómez, J Terol, TD Williams, SH Nagaraj, MJ Nueda, ... Nucleic acids research 36 (10), 3420-3435, 2008	4393	2008
Differential expression in RNA-seq: a matter of depth S Tarazona, F García-Alcalde, J Dopazo, A Ferrer, A Conesa Genome research 21 (12), 2213-2223, 2011	1713	2011
FatiGO: a web tool for finding significant associations of Gene Ontology terms with groups of genes F Al-Shahrour, R Díaz-Uriarte, J Dopazo Bioinformatics 20 (4), 578-580, 2004	1397	2004
Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data F García-Alcalde, K Okonechnikov, J Carbonell, LM Cruz, S Götz, ... Bioinformatics 28 (20), 2678-2679, 2012	1089	2012
The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models L Shi, G Campbell, WD Jones, F Campagne, Z Wen, SJ Walker, Z Su, ... Nature biotechnology 28 (8), 827-838, 2010	894	2010
A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium Nature biotechnology 32 (9), 903-914, 2014	893	2014
A hierarchical unsupervised growing neural network for clustering gene expression patterns J Herrero, A Valencia, J Dopazo Bioinformatics 17 (2), 126, 2001	820	2001
Genomics of the origin and evolution of Citrus GA Wu, J Terol, V Ibanez, A López-García, E Pérez-Román, C Borredá, ... Nature 554 (7692), 311-316, 2018	802	2018
Changes in the pattern of DNA methylation associate with twin discordance in systemic lupus erythematosus BM Javierre, AF Fernandez, J Richter, F Al-Shahrour, JI Martin-Subero, ... Genome research 20 (2), 170-179, 2010	749	2010
ETE: a python Environment for Tree Exploration J Huerta-Cepas, J Dopazo, T Gabaldón BMC bioinformatics 11, 1-7, 2010	457	2010
Initial genomics of the human nucleolus A Németh, A Conesa, J Santoyo-Lopez, I Medina, D Montaner, B Péterfia, ... PLoS genetics 6 (3), e1000889, 2010	455	2010
Differential lipid partitioning between adipocytes and tissue macrophages modulates macrophage lipotoxicity and M2/M1 polarization in obese mice X Prieur, CYL Mok, VR Velagapudi, V Núñez, L Fuentes, D Montaner, ... Diabetes 60 (3), 797-809, 2011	434	2011
Babelomics: an integrative platform for the analysis of transcriptomics, proteomics and genomic data with advanced functional profiling I Medina, J Carbonell, L Pulido, SC Madeira, S Goetz, A Conesa, ... Nucleic acids research 38 (suppl_2), W210-W213, 2010	369	2010
Combining tumor genome simulation with crowdsourcing to benchmark somatic single-nucleotide-variant detection AD Ewing, KE Houlahan, Y Hu, K Ellrott, C Caloian, TN Yamaguchi, ... Nature methods 12 (7), 623-630, 2015	341	2015
A Phylogenetic Analysis of 34 Chloroplast Genomes Elucidates the Relationships between Wild and Domestic Species within the Genus Citrus J Carbonell-Caballero, R Alonso, V Ibañez, J Terol, M Talon, J Dopazo Molecular biology and evolution 32 (8), 2015-2035, 2015	339	2015
BABELOMICS: a systems biology perspective in the functional annotation of genome-scale experiments F Al-Shahrour, P Minguez, J Tárraga, D Montaner, E Alloza, ... Nucleic acids research 34 (suppl_2), W472-W476, 2006	328	2006
FatiGO+: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments F Al-Shahrour, P Minguez, J Tárraga, I Medina, E Alloza, D Montaner, ... Nucleic acids research 35 (suppl_2), W91-W96, 2007	324	2007
BABELOMICS: a suite of web tools for functional annotation and analysis of groups of genes in high-throughput experiments F Al-Shahrour, P Minguez, JM Vaquerizas, L Conde, J Dopazo Nucleic acids research 33 (suppl_2), W460-W464, 2005	305	2005
The effects of death and post-mortem cold ischemia on human tissue transcriptomes PG Ferreira, M Muñoz-Aguirre, F Reverter, CP Sa Godinho, A Sousa, ... Nature communications 9 (1), 490, 2018	300	2018
SNPeffect 4.0: on-line prediction of molecular and structural effects of protein-coding variants G De Baets, J Van Durme, J Reumers, S Maurer-Stroh, P Vanhee, ... Nucleic acids research 40 (D1), D935-D939, 2012	300	2012

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