Christian Dallago

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Burkhard RostProfessor of Computer Science, Technical University MunichDirección de correo verificada de tum.de
Michael HeinzingerTechnische Universität MünchenDirección de correo verificada de tum.de
Martin SteineggerAssociate Professor, Seoul National University, KoreaDirección de correo verificada de snu.ac.kr
Chris SanderHarvard Medical School, Broad Institute, MGH, Dana-Farber Cancer Institute, Memorial Sloan KetteringDirección de correo verificada de sanderlab.org
Maria LittmannTechnical University of MunichDirección de correo verificada de tum.de
Augustin LunaInvestigator | Computational Biology Branch, NLM & Developmental Therapeutics Branch, NCI, NIHDirección de correo verificada de mail.nih.gov
Gary BaderProfessor of Molecular Genetics and Computer Science, The Donnelly Centre, University of TorontoDirección de correo verificada de utoronto.ca
Emek DemirOHSUDirección de correo verificada de ohsu.edu
Jeffrey WongResearcherDirección de correo verificada de utoronto.ca
Max FranzUniversity of TorontoDirección de correo verificada de utoronto.ca
Céline MarquetTechnical University of MunichDirección de correo verificada de tum.de
Kevin K. YangMicrosoft ResearchDirección de correo verificada de microsoft.com
Hannes StarkPhD Student, MITDirección de correo verificada de mit.edu
Konstantin SchützeDirección de correo verificada de in.tum.de
Nicola BordinUniversity College LondonDirección de correo verificada de ucl.ac.uk
John IngrahamGenerate Biomedicines, IncDirección de correo verificada de csail.mit.edu
Anna G. GreenAssistant Professor, Manning College of Information and Computer Sciences, UMass, AmherstDirección de correo verificada de umass.edu
Christine OrengoProfessor of Bioinformatics, University College LondonDirección de correo verificada de biochem.ucl.ac.uk
Kadina E. JohnstonML Protein Engineer at Merck & Co, Inc.Dirección de correo verificada de merck.com
Samuel GoldmanMITDirección de correo verificada de mit.edu

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ProtTrans: towards cracking the language of lifes code through self-supervised deep learning and high performance computing A Elnaggar, M Heinzinger, C Dallago, G Rehawi, Y Wang, L Jones, ... IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence, 2021	1829*	2021
Modeling aspects of the language of life through transfer-learning protein sequences M Heinzinger, A Elnaggar, Y Wang, C Dallago, D Nechaev, F Matthes, ... BMC bioinformatics 20, 1-17, 2019	586	2019
Pathway Commons 2019 Update: integration, analysis and exploration of pathway data I Rodchenkov, O Babur, A Luna, BA Aksoy, JV Wong, D Fong, M Franz, ... Nucleic acids research 48 (D1), D489-D497, 2020	312	2020
3d infomax improves gnns for molecular property prediction H Stärk, D Beaini, G Corso, P Tossou, C Dallago, S Günnemann, P Liò International Conference on Machine Learning, 20479-20502, 2022	255	2022
The EVcouplings Python framework for coevolutionary sequence analysis TA Hopf, AG Green, B Schubert, S Mersmann, CPI Schärfe, JB Ingraham, ... Bioinformatics 35 (9), 1582-1584, 2019	248	2019
PredictProtein-predicting protein structure and function for 29 years M Bernhofer, C Dallago, T Karl, V Satagopam, M Heinzinger, M Littmann, ... Nucleic acids research 49 (W1), W535-W540, 2021	229	2021
Nucleotide Transformer: building and evaluating robust foundation models for human genomics H Dalla-Torre, L Gonzalez, J Mendoza-Revilla, N Lopez Carranza, ... Nature Methods, 1-11, 2024	207*	2024
Embeddings from deep learning transfer GO annotations beyond homology M Littmann, M Heinzinger, C Dallago, T Olenyi, B Rost Scientific reports 11 (1), 1160, 2021	139	2021
Embeddings from protein language models predict conservation and variant effects C Marquet, M Heinzinger, T Olenyi, C Dallago, K Erckert, M Bernhofer, ... Human Genetics, 1-19, 2021	131	2021
FLIP: Benchmark tasks in fitness landscape inference for proteins C Dallago, J Mou, KE Johnston, B Wittmann, N Bhattacharya, S Goldman, ... Thirty-fifth Conference on Neural Information Processing Systems Datasets …, 2021	114	2021
Light attention predicts protein location from the language of life H Stärk, C Dallago, M Heinzinger, B Rost Bioinformatics Advances 1 (1), vbab035, 2021	112	2021
Protein embeddings and deep learning predict binding residues for various ligand classes M Littmann, M Heinzinger, C Dallago, K Weissenow, B Rost Scientific Reports 11 (1), 23916, 2021	98	2021
Learned embeddings from deep learning to visualize and predict protein sets C Dallago, K Schütze, M Heinzinger, T Olenyi, M Littmann, AX Lu, ... Current protocols 1 (5), e113, 2021	93	2021
GenSLMs: Genome-scale language models reveal SARS-CoV-2 evolutionary dynamics M Zvyagin, A Brace, K Hippe, Y Deng, B Zhang, CO Bohorquez, A Clyde, ... bioRxiv, 2022.10. 10.511571, 2022	91	2022
From sequence to function through structure: Deep learning for protein design N Ferruz, M Heinzinger, M Akdel, A Goncearenco, L Naef, C Dallago Computational and Structural Biotechnology Journal 21, 238-250, 2023	86	2023
Novel machine learning approaches revolutionize protein knowledge N Bordin, C Dallago, M Heinzinger, S Kim, M Littmann, C Rauer, ... Trends in Biochemical Sciences 48 (4), 345-359, 2023	52	2023
ProteomicsDB: toward a FAIR open-source resource for life-science research L Lautenbacher, P Samaras, J Muller, A Grafberger, M Shraideh, J Rank, ... Nucleic acids research 50 (D1), D1541-D1552, 2022	48	2022
SARS-CoV-2 structural coverage map reveals viral protein assembly, mimicry, and hijacking mechanisms SI O’Donoghue, A Schafferhans, N Sikta, C Stolte, S Kaur, BK Ho, ... Molecular Systems Biology 17 (9), e10079, 2021	40*	2021
A roadmap for the functional annotation of protein families: a community perspective V de Crécy-Lagard, R Amorin de Hegedus, C Arighi, J Babor, A Bateman, ... Database 2022, baac062, 2022	32	2022
Clustering FunFams using sequence embeddings improves EC purity M Littmann, N Bordin, M Heinzinger, K Schütze, C Dallago, C Orengo, ... Bioinformatics 37 (20), 3449-3455, 2021	25	2021

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