Parallel performance and I/O profiling of HPC RNA-Seq applications

L Cruz, M Coelho, M Galheigo, A Carneiro… - Computación y …, 2022 - scielo.org.mx
Transcriptomics experiments are often expressed as scientific workflows and benefit from
high-performance computing environments. In these environments, workflow management …

Workflows científicos de rna-seq em ambientes distribuídos de alto desempenho: Otimização de desempenho e análises de dados de expressão diferencial de genes

L Cruz, M Coelho, R Terra, D Carvalho… - Brazilian e-Science …, 2021 - sol.sbc.org.br
Apresentamos uma versão do workflow científico ParslRNA-Seq para análises de
experimentos de Expressão Diferencial de Genes, acoplada a ambientes de Computação …

ParslRNA-Seq: An Efficient and Scalable RNAseq Analysis Workflow for Studies of Differentiated Gene Expression

K Ocaña, L Cruz, M Coelho, R Terra… - Latin American High …, 2022 - Springer
RNA sequencing has become an increasingly affordable way to profile gene expression
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …

ParslRNA-Seq: An Efficient and Scalable RNAseq Analysis Workflow for Studies of Differentiated Gene Expression

M Galheigo, A Carneiro, D Carvalho… - … Computing: 9th Latin …, 2022 - books.google.com
RNA sequencing has become an increasingly affordable way to profile gene expression
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …

Análise de um Software de Bioinformática em Arquitetura de Memória Compartilhada no Supercomputador Santos Dumont com o Intel VTune

R Soares, A Emidio, L Cruz, M Coelho… - Escola Regional de …, 2024 - sol.sbc.org.br
O estudo avalia o desempenho do software Bowtie2, amplamente utilizado em tarefas de
alinhamento genético e é uma das etapas mais custosas no workflow ParslRNA-Seq. A …

Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho

L Cruz, M Coelho, L Gadelha, C Osthoff… - Escola Regional de Alto …, 2023 - sol.sbc.org.br
O artigo traz discussões sobre a eleição de modificações no formato de execução do
workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade …

Análise do Comportamento das Operações de Entrada e Saída de um Workflow Científico de Alto Desempenho

L Cruz, M Coelho, L Gadelha, C Osthoff… - Escola Regional de Alto …, 2021 - sol.sbc.org.br
Apresentamos uma análise do comportamento das operações de E/S da versão do
workflow científico ParslRNA-Seq, acoplada a ambientes de CAD. O artigo traz discussões …

Desempenho de Workflows Multithreading no Supercomputador SDumont em Experimentos de RNA-Seq

L Cruz, M Coelho, L Gadelha, K Ocana… - Escola Regional de Alto …, 2020 - sol.sbc.org.br
Este artigo apresenta uma análise comparativa de desempenho do workflow científico
ParslRNA-Seq, sobre a parametrização multithreading do Parsl e do Bowtie …