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Parallel performance and I/O profiling of HPC RNA-Seq applications
Transcriptomics experiments are often expressed as scientific workflows and benefit from
high-performance computing environments. In these environments, workflow management …
high-performance computing environments. In these environments, workflow management …
Workflows científicos de rna-seq em ambientes distribuídos de alto desempenho: Otimização de desempenho e análises de dados de expressão diferencial de genes
Apresentamos uma versão do workflow científico ParslRNA-Seq para análises de
experimentos de Expressão Diferencial de Genes, acoplada a ambientes de Computação …
experimentos de Expressão Diferencial de Genes, acoplada a ambientes de Computação …
ParslRNA-Seq: An Efficient and Scalable RNAseq Analysis Workflow for Studies of Differentiated Gene Expression
RNA sequencing has become an increasingly affordable way to profile gene expression
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …
ParslRNA-Seq: An Efficient and Scalable RNAseq Analysis Workflow for Studies of Differentiated Gene Expression
M Galheigo, A Carneiro, D Carvalho… - … Computing: 9th Latin …, 2022 - books.google.com
RNA sequencing has become an increasingly affordable way to profile gene expression
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …
analyses. Here we introduce a scientific workflow implementing several open-source …
Análise de um Software de Bioinformática em Arquitetura de Memória Compartilhada no Supercomputador Santos Dumont com o Intel VTune
R Soares, A Emidio, L Cruz, M Coelho… - Escola Regional de …, 2024 - sol.sbc.org.br
O estudo avalia o desempenho do software Bowtie2, amplamente utilizado em tarefas de
alinhamento genético e é uma das etapas mais custosas no workflow ParslRNA-Seq. A …
alinhamento genético e é uma das etapas mais custosas no workflow ParslRNA-Seq. A …
Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho
O artigo traz discussões sobre a eleição de modificações no formato de execução do
workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade …
workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade …
Análise do Comportamento das Operações de Entrada e Saída de um Workflow Científico de Alto Desempenho
Apresentamos uma análise do comportamento das operações de E/S da versão do
workflow científico ParslRNA-Seq, acoplada a ambientes de CAD. O artigo traz discussões …
workflow científico ParslRNA-Seq, acoplada a ambientes de CAD. O artigo traz discussões …
Desempenho de Workflows Multithreading no Supercomputador SDumont em Experimentos de RNA-Seq
Este artigo apresenta uma análise comparativa de desempenho do workflow científico
ParslRNA-Seq, sobre a parametrização multithreading do Parsl e do Bowtie …
ParslRNA-Seq, sobre a parametrização multithreading do Parsl e do Bowtie …